阿莫西林对厌氧菌有微弱的抗菌作用，但不作为治疗厌氧菌感染的首选药物。
阿莫西林属于青霉素类抗生素，主要针对革兰氏阳性球菌和某些革兰氏阴性菌，而厌氧菌感染主要是由厌氧微生物引起的。虽然阿莫西林可以杀死一些厌氧菌，但厌氧菌感染需要更针对性的治疗，因此通常建议使用专门针对厌氧菌的药物，如甲硝唑、替硝唑或奥硝唑等。
厌氧菌感染的患者可在医生指导下选用甲硝唑片、替硝唑片等药物进行抗厌氧菌治疗。
在使用阿莫西林时需监测是否出现过敏反应或其他不良反应，并按医嘱完成整个疗程以防止耐药性的产生；厌氧菌感染者则应严格遵循医师指导选择合适的药物进行治疗，并注意个人卫生与防护措施。
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