奎宁和氯喹不是同一种药物，但都可用于治疗疟疾。
奎宁主要用于抑制疟原虫的脱氧核糖核酸的复制，从而起到杀灭疟原虫的作用；而氯喹主要通过与疟原虫DNA结合形成复合物，阻碍DNA依赖性RNA多聚酶与DNA模板的结合，抑制RNA转录，从而抑制疟原虫的繁殖。两者虽然都能用于治疗疟疾，但作用机制不同，因此不能互相替代。
除了奎宁和氯喹外，还有青蒿素及其衍生物等抗疟药可供选择。使用时需考虑药物敏感性和耐受性差异。
在使用奎宁或氯喹时，应注意监测潜在的心脏毒性，并遵循医生指导以避免耐药性的产生。若出现不良反应，应立即就医处理。
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